Erstmals musste auch der amtierende Weltmeister durch die Mühlen der Qualifikation. Einzig der WM-Gastgeber ist nach wie vor automatisch für die Endrunde gesetzt. Somit galt es noch 31 Mannschaften zu finden, die das WM-Teilnehmerfeld komplettierten. Diese mussten sich in einer zum Teil sehr langwierigen Qualifikation durchsetzen.

Die Vorrunde

Am 09. Dezember 2005 wurden in Leipzig die acht WM-Vorrundengruppen à vier Teams ausgelost. Nach dem Modus "Jeder gegen Jeden" absolviert jede Mannschaft drei Vorrundenspiele. Die Reihenfolge in der Tabelle wird nach folgenden Grundlagen ermittelt:

1. Punktzahl aus allen Gruppenspielen,
2. Tordifferenz aus allen Gruppenspielen,
3. Anzahl der erzielten Tore in allen Gruppenspielen.

Für den Fall, dass dann zwei oder mehr Teams gleichauf liegen, sieht die Regel folgendes vor:

4. Punktzahl aus den direkten Begegnungen,
5. Tordifferenz aus den direkten Begegnungen,
6. Anzahl der erzielten Tore in den direkten Begegnungen.

Sollte all dies nicht zu einer Bestimmung der Reihenfolge genügen, entscheidet:

7. das Los.

Die ersten beiden Mannschaften jeder Gruppe qualifizieren sich für das Achtelfinale.

Die Finalrunde

Ab dem Achtelfinale geht es im K. o.-System weiter. In den acht Partien stehen sich je ein Gruppensieger und ein Zweiter einer anderen Gruppe gegenüber. Die Sieger ziehen ins Viertelfinale ein. Übers Halbfinale führt der Weg weiter ins Finale oder ins Spiel um Platz drei.

K. o.-System bedeutet, aus jedem Spiel wird ein Sieger hervorgehen. Sollte dies nicht nach 90 Minuten entschieden sein, wird die Partie um zwei Mal 15 Minuten verlängert. Diese Spielzeit wird vollends ausgekostet, egal was passiert. Vorzeitige Entscheidungen nach "Golden Goal" wird es nicht mehr geben. Diese Regel wurde abgeschafft. Auch das "Silver Goal", praktiziert bei der EURO 2004, findet keine Anwendung mehr.

Bringt die Verlängerung keine Entscheidung, so muss der Sieger letztlich im Elfmeterschießen ermittelt werden. Dazu treten zunächst fünf Spieler jeder Mannschaft an. Herrscht auch dann noch Gleichstand, so muss ein weiterer Spieler jedes Teams zum Elfmeterpunkt schreiten. Das wird so lange fortgesetzt bis eine Entscheidung gefallen ist. Bei der Auswahl der Elfmeterschützen dürfen die Trainer nur auf jene Akteure zurückgreifen, die beim Abpfiff der Verlängerung auf dem Platz standen. Notfalls müssen die Spieler sogar ein zweites Mal antreten usw.

Spieleraufgebote

Jede an der WM teilnehmende Mannschaft darf für das Turnier 23 Spieler (3 Torhüter, 20 Feldspieler) nominieren. Diesen wird eine feste Rückennummer zwischen 1 und 23 zugewiesen. Dabei muss die Nummer 1 von einem Torwart getragen werden. Hose und Trikot (vorn und hinten) müssen mit diesen Nummern versehen sein. Zudem hat auf dem Rücken der Spieler- bzw. Rufname zu stehen.

Die Meldung der Mannschaftslisten musste bis zum 15. Mai 2006 erfolgen. Eine spätere Änderung im Kader wird nur genehmigt, wenn sich ein Spieler noch vor dem ersten Spiel seiner Mannschaft schwer verletzt. Die sportmedizinische Kommission der FIFA muss dies genehmigen.

Neben den elf zu Spielbeginn aufgebotenen Spielern dürfen die zwölf verbliebenen Akteure auf der Bank Platz nehmen. Aus all diesen kann der Trainer bei den drei möglichen Einwechslungen wählen.

Dopingkontrollen

Nach jedem Spiel müssen zwei Spieler jeder Mannschaft zur Dopingprobe bereit stehen. Diese werden in der Halbzeitpause ausgelost. Der Dopingkontroll-Koordinator der FIFA zieht pro Team noch zwei weitere Lose. Im Falle von Verletzungen würden diese dann nachrücken. Zudem sind unangemeldete Dopingkontrollen abseits des Spielbetriebes (z. B. Trainingskontrollen) mittlerweile üblich.

Bei positiven Dopingproben, bestätigt durch die B-Probe, entscheidet die zuständige Organisationskommission der FIFA über das Strafmaß.

Karten

Was die Folgen von Gelben, Gelb-Roten und Roten Karten betrifft, so wird nach dem bewährten Modus verfahren. Sollte ein Spieler im Turnierverlauf die zweite Verwarnung bekommen, ist er für das nächste Spiel gesperrt. Auch Platzverweise werden auf diese Weise geahndet. Jedoch behält sich die Disziplinar-Kommission der FIFA vor, bei groben Regelverstößen härtere Strafen auszusprechen. Nach Abschluss der Vorrunde werden alle Gelben Karten gestrichen. Sperren allerdings müssen abgesessen werden.